Johdanto
Bakteerien transformaation ja bakteerifagitartunnan tutkimukset 1– 5 osoittavat vahvasti, että deoksiribonukleiinihappo (DNA) voi kuljettaa ja välittää perinnöllistä tietoa ja ohjata oman replikaationsa. Hypoteesit DNA-replikaatiomekanismille eroavat toisistaan ennusteissa, joita he tekevät vanhempamolekyyleistä peräisin olevien atomien jakautumisesta jälkeläismolekyylien välillä. 6
Radioisotooppileimoja on käytetty kokeissa, jotka koskevat vanhempien atomien jakautumista jälkeläismolekyylien välillä useissa organismeissa. Odotimme, että leima, joka antaa DNA-molekyylille lisääntyneen tiheyden, saattaa sallia tämän jakauman analysoinnin sedimentaatiotekniikoilla. Tätä varten kehitettiin menetelmä pienten tiheyserojen havaitsemiseksi makromolekyylien välillä. Tätä menetelmää käyttämällä olemme havainneet raskaan typpi-isotoopin N jakautumisen DNA-molekyylien välillä tasaisesti N-leimatun, eksponentiaalisesti kasvavan siirron jälkeen. bakteeripopulaation kasvualustaan, joka sisältää tavallista typpi-isotooppia N.
Tiheysgradienttisentrifugointi
Pieni määrä DNA: ta väkevässä cesiumkloridiliuoksessa sentrifugoidaan, kunnes tasapaino lähestyy tarkasti. Vastakkaiset sedimentaatio- ja diffuusioprosessit ovat sitten tuottaneet stabiilin cesiumkloridin pitoisuusgradientin. Pitoisuus- ja paineen gradientit johtavat tiheyden jatkuvaan kasvuun keskipakovoiman suunnassa. Tässä tiheysgradientissa läsnä olevan DNA: n makromolekyylit ohjataan keskipakokentän avulla alueelle, jossa liuoksen tiheys on yhtä suuri kuin niiden oma kelluva tiheys. Tätä keskittymiskykyä vastustaa diffuusio, jolloin tuloksena on, että tasapainossa yksi DNA-laji jakautuu kaistalle, jonka leveys on käänteisesti suhteessa kyseisen lajin molekyylipainoon.
Escherichia coli B: tä kasvatettiin 36 ° C: ssa ilmastamalla glukoosisuolaliuoksessa, joka sisälsi ainoana typpilähteenä ammoniumkloridia. Bakteeripopulaation kasvua seurasi mikroskooppinen solumäärä ja pesäkemääritykset.
Abstrakti
Escherichia coli K-12 on esitetty 4 639 221 emäsparisekvenssillä . Merkityistä 4288 proteiinia koodaavasta geenistä 38 prosentilla ei ole määritettyä toimintoa. Vertailu viiteen muuhun sekvensoituun mikrobiin paljastaa sekä läsnä olevat että kapeasti jakautuneet geeniperheet; monet samanlaisten geenien perheet E. colissa ovat myös ilmeisiä. Suurin paralogisten proteiinien perhe sisältää 80 ABC-kuljettajaa.
Genomi kokonaisuutena on silmiinpistävästi järjestetty paikallisen replikaation suunnan suhteen; guaniinit, replikaatioon ja rekombinaatioon mahdollisesti liittyvät oligonukleotidit, ja useimmat geenit ovat niin suuntautuneita. Genomi sisältää myös insertiosekvenssi (IS) -elementtejä, faagijäännöksiä ja monia muita epätavallisen koostumuksellisia laikkuja, jotka osoittavat genomin plastisuuden vaakasuoran siirron kautta.
PT kiinteässä ilmassa olevassa biofilmissä
Monet bakteerit ovat biofilmeinä luonnollisissa ja keinotekoisissa ympäristöissä (Davey ja O’Toole, 2000). Biofilmit ovat mikrobien aggregaatteja, jotka muodostuvat kiinteän nesteen tai kiinteän ilman (SA) rajapinnoissa (Anderl et ai., 2000; Carmen et ai., 2004). Solut näissä suuritiheyksisissä viljelmissä ovat vuorovaikutuksessa toistensa kanssa ja ilmentävät erottuvia fysiologisia toimintoja verrattuna niiden vapaaseen planktoniseen muotoon. Aikaisemmat E. coli -transformaatiotutkimukset keskittyivät yksinomaan planktonisiin soluihin (Mandel ja Higa, 1970; Hanahan, 1983), mutta osoitimme, että SA-biokalvojen E. coli -solut kehittävät osaamista taajuudella 10 −6 −10 −8 eri kiinteällä kasvualustalla, kuten LB ja H 2O agar ja erilaiset kosteat elintarvikkeet (Maeda et ai., 2004). Elävät solut esiintyvät yleensä rinnakkain kuolleiden solujen kanssa biofilmeissä, ja nämä voivat vapauttaa DNA: nsa ja tietyt kaksiarvoiset metalli-ionit, mukaan lukien Ca 2+ ja Mn 2+ , biofilmin paikalliseen mikroympäristöön (Davey ja O’Toole, 2000; Whitchurch et. al., 2002). Nämä olosuhteet voivat edistää transformaation kehittymistä, eivätkä ne välttämättä ole yksinomaan SA-biofilmejä, koska samanlaista parannusta on raportoitu myös E. coli -ilma-neste -biofilmeissä (Król et al., 2011).
Villien E. coli -kantojen PT vedessä
Tuloksemme ja muut osoittavat, että ympäristön E. coli voi mahdollisesti hankkia vierasta DNA: ta transformaation avulla. Luonnollisten E. coli -kantojen transformoitavuutta koskevista tutkimuksista on kuitenkin olemassa vain vähän raportteja (Woegerbauer et ai., 2002; Sinha ja Redfield, 2012).
Siksi tutkimme luonnollisten E. coli -kantojen mahdollisuutta kehittää osaamista ympäristöolosuhteissa. Käytimme standardeja E. coli -viitekantakokoelmia (ECOR) luonnollisten E. coli -malliemme mallina (Ochman ja Selander, 1984), koska näitä ECOR-kantoja on käytetty laajasti erilaisissa tutkimuksissa fysiologiasta, käyttäytymisestä ja genotyyppisistä vaihteluista. luonnollinen E. coli (Tenaillon et ai., 2010).
Olemme havainneet, että jotkut EcoRI kannat osoittivat havaittavissa muunneltavuutta (10 -10 -10 -11 ) luonnon vedessä (kaupallisesti saatavilla pullotetun luonnollinen puhdasta vettä) jatkuvasti ja vaihtelevissa lämpötiloissa välillä 5 ja 35 ° C: ssa ja talvella lämpötiloissa alalla kokeessa, mikä viittaa siihen, että luonnollinen E. coli voi mahdollisesti kehittää osaamista tietyissä olosuhteissa, joita voi toteutua ympäristössä (Matsumoto et al., 2016b).
Escherichia coli DNA ligase (ligA) |
||
| 1-CSB-EP322745ENV |
|
|
|
Description: Recombinant Escherichia coli DNA ligase(ligA) expressed in E.coli |
||
QPCR Kit DNA Escherichia coli |
||
| MOL6714 | EACH | EUR 839.04 |
Escherichia coli DNA helicase II (uvrD) |
||
| 1-CSB-EP360936ENV |
|
|
|
Description: Recombinant Escherichia coli DNA helicase II(uvrD) expressed in E.coli |
||
Escherichia coli DNA repair protein recO (recO) |
||
| 1-CSB-EP364006ENV |
|
|
|
Description: Recombinant Escherichia coli DNA repair protein recO(recO) expressed in E.coli |
||
Escherichia coli O6:H1 Replicative DNA helicase (dnaB) |
||
| 1-CSB-EP811243EGXa0 |
|
|
|
Description: Recombinant Escherichia coli O6:H1 Replicative DNA helicase(dnaB) expressed in E.coli |
||
Escherichia coli ATP-dependent DNA helicase recG (recG) |
||
| 1-CSB-EP326126ENV |
|
|
|
Description: Recombinant Escherichia coli ATP-dependent DNA helicase recG(recG) expressed in E.coli |
||
Escherichia coli DNA mismatch repair protein MutL (mutL) |
||
| 1-CSB-EP543397ENV |
|
|
|
Description: Recombinant Escherichia coli DNA mismatch repair protein MutL(mutL) expressed in E.coli |
||
Escherichia coli ATP-dependent DNA helicase rep (rep) |
||
| 1-CSB-RP095644Ba |
|
|
|
Description: Recombinant Escherichia coli ATP-dependent DNA helicase rep(rep) expressed in E.coli |
||
Escherichia coli ATP-dependent DNA helicase recQ (recQ) |
||
| 1-CSB-RP179794Ba |
|
|
|
Description: Recombinant Escherichia coli ATP-dependent DNA helicase recQ(recQ),partial expressed in E.coli |
||
Escherichia coli (E. coli) Antibody |
||
| abx415692-01mg | 0.1 mg | EUR 760.8 |
Escherichia coli (E. coli) Antibody |
||
| abx415712-1ml | 1 ml | EUR 727.2 |
Escherichia coli (E. coli) Antibody |
||
| abx411320-1ml | 1 ml | EUR 610.8 |
Escherichia coli DNA replication and repair protein RecF (recF) |
||
| 1-CSB-EP358973ENV |
|
|
|
Description: Recombinant Escherichia coli DNA replication and repair protein RecF(recF) expressed in E.coli |
||
Escherichia coli (E. coli) Antibody (Biotin) |
||
| abx415713-1ml | 1 ml | EUR 861.6 |
Escherichia coli (E. coli) Antibody (Biotin) |
||
| abx411321-1ml | 1 ml | EUR 710.4 |
Escherichia coli (E. coli) Antibody (FITC) |
||
| abx411322-1ml | 1 ml | EUR 610.8 |
Escherichia coli Agmatinase (speB) |
||
| 1-CSB-EP001447ENM |
|
|
|
Description: Recombinant Escherichia coli Agmatinase(speB) expressed in E.coli |
||
Escherichia coli Ribokinase (rbsK) |
||
| 1-CSB-EP019397ENV |
|
|
|
Description: Recombinant Escherichia coli Ribokinase(rbsK) expressed in E.coli |
||
Escherichia coli Flagellin (fliC) |
||
| 1-CSB-EP300968ENV |
|
|
|
Description: Recombinant Escherichia coli Flagellin(fliC) expressed in E.coli |
||
Escherichia coli Flagellin (fliC) |
||
| 1-CSB-EP300968ENVe1 |
|
|
|
Description: Recombinant Escherichia coli Flagellin(fliC) expressed in E.coli |
||
Escherichia coli Exopolyphosphatase (ppx) |
||
| 1-CSB-EP365319ENV |
|
|
|
Description: Recombinant Escherichia coli Exopolyphosphatase(ppx) expressed in E.coli |
||
Escherichia coli PCR kit |
||
| PCR-VHA207-48D | 50T | EUR 543.6 |
Escherichia coli PCR kit |
||
| PCR-VHA207-96D | 100T | EUR 686.4 |
Top10F Escherichia coli Strains |
||
| S0024 | 100 ul | EUR 438 |