Escherichia Coli -DNA

Johdanto

 

Bakteerien transformaation ja bakteerifagitartunnan tutkimukset 1– 5  osoittavat vahvasti, että deoksiribonukleiinihappo (DNA) voi kuljettaa ja välittää perinnöllistä tietoa ja ohjata oman replikaationsa. Hypoteesit DNA-replikaatiomekanismille eroavat toisistaan ​​ennusteissa, joita he tekevät vanhempamolekyyleistä peräisin olevien atomien jakautumisesta jälkeläismolekyylien välillä. 6

Radioisotooppileimoja on käytetty kokeissa, jotka koskevat vanhempien atomien jakautumista jälkeläismolekyylien välillä useissa organismeissa. Odotimme, että leima, joka antaa DNA-molekyylille lisääntyneen tiheyden, saattaa sallia tämän jakauman analysoinnin sedimentaatiotekniikoilla. Tätä varten kehitettiin menetelmä pienten tiheyserojen havaitsemiseksi makromolekyylien välillä. Tätä menetelmää käyttämällä olemme havainneet raskaan typpi-isotoopin N jakautumisen DNA-molekyylien välillä tasaisesti N-leimatun, eksponentiaalisesti kasvavan siirron jälkeen. bakteeripopulaation kasvualustaan, joka sisältää tavallista typpi-isotooppia N.

Tiheysgradienttisentrifugointi

Pieni määrä DNA: ta väkevässä cesiumkloridiliuoksessa sentrifugoidaan, kunnes tasapaino lähestyy tarkasti. Vastakkaiset sedimentaatio- ja diffuusioprosessit ovat sitten tuottaneet stabiilin cesiumkloridin pitoisuusgradientin. Pitoisuus- ja paineen gradientit johtavat tiheyden jatkuvaan kasvuun keskipakovoiman suunnassa. Tässä tiheysgradientissa läsnä olevan DNA: n makromolekyylit ohjataan keskipakokentän avulla alueelle, jossa liuoksen tiheys on yhtä suuri kuin niiden oma kelluva tiheys. Tätä keskittymiskykyä vastustaa diffuusio, jolloin tuloksena on, että tasapainossa yksi DNA-laji jakautuu kaistalle, jonka leveys on käänteisesti suhteessa kyseisen lajin molekyylipainoon.

Escherichia coli B: tä kasvatettiin 36 ° C: ssa ilmastamalla glukoosisuolaliuoksessa, joka sisälsi ainoana typpilähteenä ammoniumkloridia. Bakteeripopulaation kasvua seurasi mikroskooppinen solumäärä ja pesäkemääritykset.

 

Escherichia-coli
Escherichia-coli

 

Abstrakti

Escherichia coli K-12 on esitetty 4 639 221 emäsparisekvenssillä  . Merkityistä 4288 proteiinia koodaavasta geenistä 38 prosentilla ei ole määritettyä toimintoa. Vertailu viiteen muuhun sekvensoituun mikrobiin paljastaa sekä läsnä olevat että kapeasti jakautuneet geeniperheet; monet samanlaisten geenien perheet  E. colissa  ovat myös ilmeisiä. Suurin paralogisten proteiinien perhe sisältää 80 ABC-kuljettajaa.

Genomi kokonaisuutena on silmiinpistävästi järjestetty paikallisen replikaation suunnan suhteen; guaniinit, replikaatioon ja rekombinaatioon mahdollisesti liittyvät oligonukleotidit, ja useimmat geenit ovat niin suuntautuneita. Genomi sisältää myös insertiosekvenssi (IS) -elementtejä, faagijäännöksiä ja monia muita epätavallisen koostumuksellisia laikkuja, jotka osoittavat genomin plastisuuden vaakasuoran siirron kautta.

PT kiinteässä ilmassa olevassa biofilmissä

Monet bakteerit ovat biofilmeinä luonnollisissa ja keinotekoisissa ympäristöissä (Davey ja O’Toole, 2000). Biofilmit ovat mikrobien aggregaatteja, jotka muodostuvat kiinteän nesteen tai kiinteän ilman (SA) rajapinnoissa (Anderl et ai., 2000; Carmen et ai., 2004). Solut näissä suuritiheyksisissä viljelmissä ovat vuorovaikutuksessa toistensa kanssa ja ilmentävät erottuvia fysiologisia toimintoja verrattuna niiden vapaaseen planktoniseen muotoon. Aikaisemmat  E. coli  -transformaatiotutkimukset keskittyivät yksinomaan planktonisiin soluihin (Mandel ja Higa, 1970; Hanahan, 1983), mutta osoitimme, että   SA-biokalvojen E. coli -solut kehittävät osaamista taajuudella 10 −6 −10 −8  eri kiinteällä kasvualustalla, kuten LB ja H 2O agar ja erilaiset kosteat elintarvikkeet (Maeda et ai., 2004). Elävät solut esiintyvät yleensä rinnakkain kuolleiden solujen kanssa biofilmeissä, ja nämä voivat vapauttaa DNA: nsa ja tietyt kaksiarvoiset metalli-ionit, mukaan lukien Ca 2+  ja Mn 2+ , biofilmin paikalliseen mikroympäristöön (Davey ja O’Toole, 2000; Whitchurch et. al., 2002). Nämä olosuhteet voivat edistää transformaation kehittymistä, eivätkä ne välttämättä ole yksinomaan SA-biofilmejä, koska samanlaista parannusta   on raportoitu myös E. coli -ilma-neste -biofilmeissä (Król et al., 2011).

E. coli Strains
E. coli Strains

Villien E. coli  -kantojen PT  vedessä

Tuloksemme ja muut osoittavat, että ympäristön  E. coli  voi mahdollisesti hankkia vierasta DNA: ta transformaation avulla. Luonnollisten E. coli  -kantojen transformoitavuutta koskevista tutkimuksista on kuitenkin olemassa vain vähän raportteja  (Woegerbauer et ai., 2002; Sinha ja Redfield, 2012).

Siksi tutkimme luonnollisten  E. coli  -kantojen mahdollisuutta kehittää osaamista ympäristöolosuhteissa. Käytimme standardeja  E. coli  -viitekantakokoelmia (ECOR) luonnollisten E. coli -malliemme mallina   (Ochman ja Selander, 1984), koska näitä ECOR-kantoja on käytetty laajasti erilaisissa tutkimuksissa fysiologiasta, käyttäytymisestä ja genotyyppisistä vaihteluista. luonnollinen  E. coli  (Tenaillon et ai., 2010).

Olemme havainneet, että jotkut EcoRI kannat osoittivat havaittavissa muunneltavuutta (10 -10 -10 -11 ) luonnon vedessä (kaupallisesti saatavilla pullotetun luonnollinen puhdasta vettä) jatkuvasti ja vaihtelevissa lämpötiloissa välillä 5 ja 35 ° C: ssa ja talvella lämpötiloissa alalla kokeessa, mikä viittaa siihen, että luonnollinen  E. coli  voi mahdollisesti kehittää osaamista tietyissä olosuhteissa, joita voi toteutua ympäristössä (Matsumoto et al., 2016b).

 

Escherichia coli DNA ligase (ligA)

1-CSB-EP322745ENV
  • EUR 733.20
  • EUR 370.80
  • EUR 2192.40
  • EUR 1126.80
  • EUR 1461.60
  • EUR 476.40
  • 100ug
  • 10ug
  • 1MG
  • 200ug
  • 500ug
  • 50ug
Description: Recombinant Escherichia coli DNA ligase(ligA) expressed in E.coli

QPCR Kit DNA Escherichia coli

MOL6714 EACH
EUR 839.04

Escherichia coli DNA helicase II (uvrD)

1-CSB-EP360936ENV
  • EUR 745.20
  • EUR 457.20
  • EUR 2331.60
  • EUR 1058.40
  • EUR 1602.00
  • EUR 541.20
  • 100ug
  • 10ug
  • 1MG
  • 200ug
  • 500ug
  • 50ug
Description: Recombinant Escherichia coli DNA helicase II(uvrD) expressed in E.coli

Escherichia coli DNA repair protein recO (recO)

1-CSB-EP364006ENV
  • EUR 733.20
  • EUR 370.80
  • EUR 2192.40
  • EUR 1126.80
  • EUR 1461.60
  • EUR 476.40
  • 100ug
  • 10ug
  • 1MG
  • 200ug
  • 500ug
  • 50ug
Description: Recombinant Escherichia coli DNA repair protein recO(recO) expressed in E.coli

Escherichia coli O6:H1 Replicative DNA helicase (dnaB)

1-CSB-EP811243EGXa0
  • EUR 733.20
  • EUR 370.80
  • EUR 2192.40
  • EUR 1126.80
  • EUR 1461.60
  • EUR 476.40
  • 100ug
  • 10ug
  • 1MG
  • 200ug
  • 500ug
  • 50ug
Description: Recombinant Escherichia coli O6:H1 Replicative DNA helicase(dnaB) expressed in E.coli

Escherichia coli ATP-dependent DNA helicase rep (rep)

1-CSB-RP095644Ba
  • EUR 733.20
  • EUR 370.80
  • EUR 2192.40
  • EUR 1126.80
  • EUR 1461.60
  • EUR 476.40
  • 100ug
  • 10ug
  • 1MG
  • 200ug
  • 500ug
  • 50ug
Description: Recombinant Escherichia coli ATP-dependent DNA helicase rep(rep) expressed in E.coli

Escherichia coli ATP-dependent DNA helicase recQ (recQ)

1-CSB-RP179794Ba
  • EUR 733.20
  • EUR 370.80
  • EUR 2192.40
  • EUR 1126.80
  • EUR 1461.60
  • EUR 476.40
  • 100ug
  • 10ug
  • 1MG
  • 200ug
  • 500ug
  • 50ug
Description: Recombinant Escherichia coli ATP-dependent DNA helicase recQ(recQ),partial expressed in E.coli

Escherichia coli ATP-dependent DNA helicase recG (recG)

1-CSB-EP326126ENV
  • EUR 733.20
  • EUR 370.80
  • EUR 2192.40
  • EUR 1126.80
  • EUR 1461.60
  • EUR 476.40
  • 100ug
  • 10ug
  • 1MG
  • 200ug
  • 500ug
  • 50ug
Description: Recombinant Escherichia coli ATP-dependent DNA helicase recG(recG) expressed in E.coli

Escherichia coli DNA mismatch repair protein MutL (mutL)

1-CSB-EP543397ENV
  • EUR 733.20
  • EUR 370.80
  • EUR 2192.40
  • EUR 1126.80
  • EUR 1461.60
  • EUR 476.40
  • 100ug
  • 10ug
  • 1MG
  • 200ug
  • 500ug
  • 50ug
Description: Recombinant Escherichia coli DNA mismatch repair protein MutL(mutL) expressed in E.coli

Escherichia coli (E. coli) Antibody

abx415692-01mg 0.1 mg
EUR 760.8

Escherichia coli (E. coli) Antibody

abx415712-1ml 1 ml
EUR 727.2

Escherichia coli (E. coli) Antibody

abx411320-1ml 1 ml
EUR 610.8

Escherichia coli DNA replication and repair protein RecF (recF)

1-CSB-EP358973ENV
  • EUR 733.20
  • EUR 370.80
  • EUR 2192.40
  • EUR 1126.80
  • EUR 1461.60
  • EUR 476.40
  • 100ug
  • 10ug
  • 1MG
  • 200ug
  • 500ug
  • 50ug
Description: Recombinant Escherichia coli DNA replication and repair protein RecF(recF) expressed in E.coli

Escherichia coli (E. coli) Antibody (Biotin)

abx415713-1ml 1 ml
EUR 861.6

Escherichia coli (E. coli) Antibody (Biotin)

abx411321-1ml 1 ml
EUR 710.4

Escherichia coli (E. coli) Antibody (FITC)

abx411322-1ml 1 ml
EUR 610.8

Escherichia coli Agmatinase (speB)

1-CSB-EP001447ENM
  • EUR 733.20
  • EUR 370.80
  • EUR 2192.40
  • EUR 1126.80
  • EUR 1461.60
  • EUR 476.40
  • 100ug
  • 10ug
  • 1MG
  • 200ug
  • 500ug
  • 50ug
Description: Recombinant Escherichia coli Agmatinase(speB) expressed in E.coli

Escherichia coli Ribokinase (rbsK)

1-CSB-EP019397ENV
  • EUR 733.20
  • EUR 370.80
  • EUR 2192.40
  • EUR 1126.80
  • EUR 1461.60
  • EUR 476.40
  • 100ug
  • 10ug
  • 1MG
  • 200ug
  • 500ug
  • 50ug
Description: Recombinant Escherichia coli Ribokinase(rbsK) expressed in E.coli

Escherichia coli Flagellin (fliC)

1-CSB-EP300968ENV
  • EUR 733.20
  • EUR 370.80
  • EUR 2192.40
  • EUR 1126.80
  • EUR 1461.60
  • EUR 476.40
  • 100ug
  • 10ug
  • 1MG
  • 200ug
  • 500ug
  • 50ug
Description: Recombinant Escherichia coli Flagellin(fliC) expressed in E.coli

Escherichia coli Flagellin (fliC)

1-CSB-EP300968ENVe1
  • EUR 872.40
  • EUR 510.00
  • EUR 2331.60
  • EUR 1266.00
  • EUR 1602.00
  • EUR 615.60
  • 100ug
  • 10ug
  • 1MG
  • 200ug
  • 500ug
  • 50ug
Description: Recombinant Escherichia coli Flagellin(fliC) expressed in E.coli

Escherichia coli Exopolyphosphatase (ppx)

1-CSB-EP365319ENV
  • EUR 733.20
  • EUR 370.80
  • EUR 2192.40
  • EUR 1126.80
  • EUR 1461.60
  • EUR 476.40
  • 100ug
  • 10ug
  • 1MG
  • 200ug
  • 500ug
  • 50ug
Description: Recombinant Escherichia coli Exopolyphosphatase(ppx) expressed in E.coli

Escherichia coli PCR kit

PCR-VHA207-48D 50T
EUR 543.6

Escherichia coli PCR kit

PCR-VHA207-96D 100T
EUR 686.4

Top10F Escherichia coli Strains

S0024 100 ul
EUR 438

Jätä kommentti